Merge Dungeon construit tout un dungeon crawler d'arcade autour de la fusion. Tes soldats doivent se frayer un chemin hors d'un donjon rempli de monstres, et comme ces monstres deviennent de plus en plus forts, le seul moyen de tenir est d'améliorer l'équipement de tes guerriers.
Le jeu suit une boucle simple : combattre, améliorer, fusionner, recommencer. Les monstres attaquent tes soldats et tu dois tous les vaincre. Entre les combats, fusionne les pièces d'équipement identiques pour en obtenir des versions plus puissantes, et utilise les améliorations pour rendre tes guerriers plus résistants. Quand un boss apparaît, attends d'être prêt avant d'attaquer : les boss frappent bien plus fort que les monstres ordinaires.